GDNA를 S1 뉴 클레아 제로 처리하여 원하지 않는 ssDNA 및 RNA 를 제거한 다음 에탄올 침전으로 S1 뉴 클레아 제를 제거합니다. 그런 다음 gDNA는 제한적인 엔도 뉴 클레아 제로 단편화되어 크기가 다른 이중 가닥 DNA (dsDNA) 단편을 생성합니다. 또는 gDNA 단편은 초음파 처리에 의해 생성 될 수 있습니다.
Immunoprecipitation
단편화 된 gDNA는 DNA-RNA 구조 특이 적 S9.6 mAb와 함께 배양됩니다. 이 단계는 DNA-RNA 하이브리드에 대한 S9.6 mAb의 높은 특이성과 친화성에 전적으로 의존하기 때문에 DRIP-seq 프로토콜에 고유합니다. 항체는 게놈에 분산 된 이러한 영역을 찾아 결합하고 면역 침강에 사용됩니다. S9.6 항체는 비드 표면의 특정 리간드 (즉, 단백질 A 또는 단백질 G)와 상호 작용하여 자기 비드에 결합됩니다. 따라서 DNA-RNA가 포함 된 단편은 항체를 통해 비드에 결합합니다.
이미지 156A | R-loop 및 S9.6 단일 클론 항체 | Kmnip / CC BY (https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:R_loop_S9.6_mAb.svg) Wikimedia Commons
저자 : Yavor Mendel
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