계산 분석

많은 고 처리량 시퀀싱 접근 방식과 마찬가지로 ChIP-seq 는 적절한 계산 검사 방법이 필요한 매우 큰 데이터 세트를 생성합니다. ChIP-seq 읽기 열거 데이터 에서 DNA 결합 부위를 예측하기 위해 피크 호출 방법이 개발되었습니다. 가장 널리 사용되는 작업은 ChIP-Seq 태그의 이동 크기를 경험적으로 모델링하고 예측 된 결합 사이트의 공간 해상도를 개선하는 데 사용하는 MACS입니다.

또 다른 관련 계산 문제는 동일한 생물학적 조건이 아닌 두 개의 ChIP-seq 신호에서 중요한 차이를 식별하는 차동 피크 호출 입니다. 차동 피크 호출자는 두 개의 ChIP-seq 신호를 분할 하고 은닉 마르코프 모델을 사용하여 차동 피크를 공개합니다. 2 단계 차동 피크 호출자의 예는 ChIPDiff 및 ODIN 입니다.

이미지 130A | ChIP-sequencing 워크 플로 | Jkwchui / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Chromatin_immunoprecipitation_sequencing.svg) Wikimedia Commons

저자 : Milos Pawlowski

참고 문헌:

분자 생물학 기술 I

분자 생물학 II의 기술